В тридцатые годы 20 века в Угличе развернулось строительство крупных промышленных предприятий, которое привело к росту числа жителей города и, соответственно, к увеличению количества учащихся. Школ в городе не хватало: в конце 3-х годов на 1560 учеников в городе имелись одна средняя школа, две неполные средние школы и семь начальных. В 1940 году было принято решение организовать новую неполную среднюю школу на базе 3-й и 6-й начальных школ и построить здание для новой школы рядом со стадионом «Коммунар» напротив клуба «Волголага». В связи с этим был ликвидирован молитвенный дом Корсунской церкви, на месте которого развернулось строительство школы. В то время как шли строительные работы, новая школа уже в сентябре 1940 года осуществила первый набор учеников. Учебный процесс временно был организован в других городских зданиях: в доме около старой почты, в помещениях Зимина двора, в здании у Воскресенского монастыря (потом там разместится детский дом). Школа была рассчитана на 12 начальных и 6 пятых классов. Первым директором была назначена Евгения Алексеевна Мандельштам, завучем – Валентина Фёдоровна Никонова. Учителями нового учебного заведения стали Балицкая (математика), Тарицына (биология), Лавров (география), Нежданов и Троицкая (словесники). С 1942 года по 1944 год школу возглавлял Н.Н. Соснин, вернувшийся с фронта после ранения. В годы войны молодое учебное заведение жило теми же заботами, что и вся страна – учителя и ученики заготавливали дрова и продукты питания, приводили в порядок хранилища для них.  С марта 1942 года в Угличе начинаются работы по развертыванию госпиталей, один из которых разместился в новом здании школы. А в 1943 году, когда в Углич из Ярославля был переведен учебно-химический отряд Военно-Морского Флота СССР, в здании школы разместился и функционировал до 1945 года учебный корпус школы химистов.  И только по окончании войны, в 1946 году школа №3 начала учебный год в своем «родном» здании по адресу ул. Карла Либкнехта (ныне Ярославская) д. 47.